Batajnica pod turskom vlašću
Početkom 16. veka, uznemiren napredovanjem Osmanlija, ugarski kralj Vladislav II pozvao je na krstaški pohod. Međutim, 1514. godine taj poziv se pretvorio u seljački ustanak, koji je predvodio Đerđ Doža iz Erdelja. Pobuna je ubrzo zahvatila i krajeve naseljene Srbima u Banatu, a deo ustanika prešao je u Srem i zauzeo Slankamen, Čerević, Banoštor i Karom. Neki Srbi iz Srema pridružili su se ustanku, dok su drugi, predvođeni despoticom Jelenom, bili protiv. Ona je poslala čete protiv ustanika, koji su prethodno spalili Nađlak, glavno središte despota Jakšića. Pobunu je ugasio erdeljski vojvoda Jovan Zapolja.
Dve godine nakon pobune, 1516. godine, umro je kralj Vladislav II, a presto je preuzeo njegov sin, Lajoš II. Centralna vlast je oslabila, što je iskoristio sultan Sulejman Veličanstveni, koji je 1521. osvojio Šabac, a zatim i Beograd. Tokom tog pohoda, Sulejman je opustošio Srem. Srpski letopisi beleže da su njegove trupe "pljačkale i palile sela i gradove". Despotica Jelena je uoči dolaska Osmanlija pobegla iz Kupinika u Ugarsku, a Sulejmanove trupe su zauzele i razorile Kupinik.
Pad Ugarske i srpski ustanak
Konačan pad Ugarske pod Osmanlije desio se 1526. godine u bici kod Mohača, gde je Ugarska doživela težak poraz, a kralj Lajoš II je poginuo u bekstvu. Osmanlije su se povukle preko Dunava, ali su ostavile svoje posade u Sremu, a Ugarska je podeljena na tri dela. Srbi su tada podigli ustanak pod vođstvom Jovana Nenada, zvanog "Crni čovek", koga su mnogi smatrali carem. Njegova pobuna je ugušena 1527. godine.
Poslednji srpski despot, Stefan Berislavić, služio je kao osmanski vazal do 1535. godine, kada je poginuo u borbi sa bosanskim sandžak-begom Husrevom. Već 1536. godine, svi posedi despota Berislavića potpali su pod osmansku vlast, a veliki deo srpskog stanovništva Srema preselio se u Pomorišje.
Prvi pomen Batajnice i turski popisi
Prvi pisani pomen Batajnice pod ovim imenom zabeležen je u turskom popisu iz 1546. godine, kada je imala 24 domaćinstva. Tokom turske vlasti, Srem je popisivan pet puta zbog masovnih migracija i reformi. U prvom popisu primećuje se postojanje kneževa u nekim mestima, poput Zemuna, Biljarice i Surčina, koji su pomagali u prikupljanju poreza i održavanju reda. Batajnica je tada pripadala Zemunskoj nahiji u okviru Sremskog sandžaka.
Poljoprivreda i život stanovništva
Stanovnici Batajnice pretežno su se bavili poljoprivredom. Sadili su žitarice (pšenicu, ječam, raž, proso i zob), kao i lan, konoplju, kupus, pasulj i luk. Takođe, uzgajali su ovce i koze radi vune i mlečnih proizvoda, a uz Dunav su postojali i vinogradi. Krajem 16. veka povećan je broj stanovnika koji su se bavili stočarstvom, posebno uzgojem svinja. Postojali su i zanatlije: kovači, kolari, tesari i zidari, a bilo je i ribara.
Pad Osmanskog carstva u Sremu
Osmanlije su u 17. veku napredovale, ali su 1683. godine doživele poraz kod Beča, što je pokrenulo rat poznat kao "Veliki bečki rat" (1683–1699). Za Srbe u Sremu, taj period predstavlja vreme dugih ratova i migracija. Bitka kod Slankamena 1691. godine ubrzala je mirovni sporazum u Sremskim Karlovcima 1699. godine, čime je počeo kraj turske vladavine. Granica između Osmanskog carstva i Habsburške monarhije povučena je duž Dunava, čime je Batajnica konačno pripala austrijskoj vlasti.
