Formiranjem Batajnice na današnjem mestu kao graničarskog naselja početkom XVIII veka. godine 1726. sagrađena je i prva crkva koja je osveštana 17. jula 1731. godine. Prvobitna crkva bila je sagrađena od pletera, oblepljena blatom i okrečena iznutra. Krov joj je bio od trske i nije posedovala zvonik. Taj izgled zadržala je sve do 1780. godine, kada je započela izgradnja nove zgrade baroknog tipa. Potreba za gradnjom nove crkve došla je usled intenzivog naseljavanja stanovništva sa prostora Srbije, Like, Banije, Korduna i Dalmacije. Pet godina kasnije 1785. godine izgradnja hrama je završena, a tom prilikom je urađen i osveštan ikonostas koji se pripisuje Teodoru Kračunu jednom od najznačajnijih srpskih slikara poznog baroka.
Hram se razvijao zajedno sa naseljem i delio je sudbinu sela. Sredinom XIX veka, prilikom jedne velike oluje zvonik hrama je bio teško oštećen tako da je sagrađen novi. Tokom Prvog svetskog rata usled odmazdi austrougarskih vlasti zbog davanja podrške i prihvatanja srpske vojske septembra 1914. godine, brojni stanovnici Batajnice su internirani po raznim mestima u Ugarskoj zajedno sa svojim parohom, nakon čega je život u crkvenoj opštini značajno zamro, dok je crkva zapuštena i opljačkana. Između dva svetska rata, tačnije 1938. godine, došlo je do obnavljanja crkve, a naredna obnavljanja bila su obavljena i 1951. i 1989. godine.
Tokom devedestih godina, usled teškog stanja u državi i društvu došlo je do propadanja zgrade crkve. Usled nebrige, tačnije zbog izdizanja okolnih trotoara pod hrama se našao ispod nivoa obliže ulice, a sva voda se slivala u crkvenu portu i crkvu. Tokom zimskih meseci pojavljivale su se zatrpavanja kanala i podzemne vode koje su strahovito ugrozile samu zgradu, naročito se to desilo 1999. godine. Početkom 2000. započelo se obnovom hrama i u periodu 2001-2004. hram je značajno obnovljem. Ova crkva je jedna od najstarijih hramova u Zemunu i Beogradu. Uz pomoć Gradske opštine Zemun crkva je renovirana 2001-2004. godine.
