Razvoj zdravstva u Batajnici usko je povezano sa razvojem zdravstva u Zemunu koje datira od 1730. godine, kada je formirana tzv. raskužna stanica Kontumac, u kojoj su svi putnici sa Orijenta izdržavali propisani karantin. Sanitarnu ustanovu (kontumac) osnovala je zemunska opština 1740. godine, u skladu sa „Zakonskim propisima o sanitarnoj odbrani Habzburškog carstva", kojim se regulisao sanitarni nadzor u graničnim područjima. Sanitarni nadzor u graničnim područjima, zaokružen je donošenjem „Naredbe o kontumacu i raskužbi“ od 3. oktobra 1730. godine.
U skladu sa ovim zakonom, u Zemunu je te godine, zbog njegovog značaja, osnovana prva sanitarna ustanova kontumac (karantin), u kome je propisano kako se postupa sa „sumnjivim licima”. Koliki je značaj kontumac imao za Habzburško carstvo najbolje ilustruje činjenica da je Zemunski kontumac otvoren 1730. godine, dok su ostali karantini sistemski otvarani tek od 1740.
Zemunski kontumac je radio do 1872. godine, čitave 142 godine. Kontumac se nalazio na prostoru današnjeg Gradskog parka, u jugozapadnom delu Starog jezgra Zemuna, i bio je poput kakvog zatvora u celini opasan visokim, jakim zidom od opeke i kamena, palisadama i gradskim jarkom, oko 6 metara dubine i 8 metara širine, koji je uvek bio ispunjen vodom. Dugogodišnje postojanje Kontumaca koristilo je tadašnjoj državi dvostruko, ne samo kao zaštita od epidemija zaraznih bolesti već i kao pokretač višestrukog ekonomskog razvoja Zemuna, stimulisan prometom znatne količine raznovrsne robe, koje su prolazile preko Zemuna.
Pored Kontumca u Zemunu su tokom XVIII veka, radile četiri bolnice dve veće (srpska i katolička) i dve manje bolnice (vojna i jevrejska). Kako je zemunska valst uvidela da su troškovi za održavanje više bolnica preveliki, kako bi smanjila troškove ukinula je dvostruki obračun, a Generalna komanda je potom 25. februara 1784. godine naredila spajanje srpske i katoličke bolnice u jednu. Naredbom je propisano da se od tog dana kase ove dve bolnice spoje u jednu i da se pristupi izradi projekata o izgradnji nove zgrade bolnice. Tokom XIX i prvih decenija XX veka batajničko stanovništvo lečilo se u najvećoj meri u zemunskim zdravstvenim ustanovama. Počev od 50-tih godina XX veka na prostoru Zemuna razvija se zdravstvena zaštita u današnjem obliku kada je započeo sa radom Dom zdravlja „Zemun“.
Godine 1980. u ulici Rade Končara br.46, otvorena je sadašnja centralna zgrada Doma zdravlja „Zemun". Do 2013. godine Dom zdravlja „Zemun“ pružao je zdravstvene uslute u GO „Zemun“ i GO „Surčin“ i kao takav bio je jedini „Dom zdravlja“ na prostoru Grada Beograda koji je opsluživao dve gradske opštine. On pruža usluge iz domena primarne zdravstvene zaštite građanima čitave Opštine „Zemun“ sa svim naseljima između ostalih i Batajnici. Ovo se odnosi na prigradska naselja: Galenika, Zemun Polje, Batajnica, Plavi Horizont, Altina, Kamendin, Busije i Grmovac.
Zdravstvena stanica u Batajnici (ambulanta) postoji od druge polovine XX veka u ulici Jovana Brankovića br.1, odnosno od 50-tih godina, kada se formirala zdravstvena zaštita u modernom smislu. Tokom 80-tih godina, došlo je do proširenja stanice izgradnjom moderne zgrade koja je za to vreme ispunjavala potrebe Batajnice. Međutim usled ogromnog demografskog rasta stanovništva Batajnice poslednjih godina sve veći broj građana, a i zbog potrebe za što kvalitetnijom zdravstvenom zaštitom odlučuje se da svoje zdravstvene kartone otvori u Domu zdravlja „Zemun, a ne u Z.S. „Batajnica“. .
